Quần đảo Virgin thuộc Mỹ nằm ở vùng biển Caribbean và Đại Tây Dương, khoảng 50 đặm phía đông Puerto Rico. Toàn bộ diện tích đất đai của quần đảo là xấp xỉ hai lần diện tích của Washington, D.C.

Quần đảo Virgin thuộc Mỹ được biết đến vì có các bãi biển cát trắng, như là Vịnh Magens và Vịnh Trunk, và các bến tàu chiến lược như Charlotte Amalie và Christiansted. Đa số các đảo bao gồm Saint Thomas, là có nguồn gốc từ núi lửa và có nhiều đồi núi. Điểm cao nhất là Núi Crown, ở Đảo Saint Thomas (474 mét). Đảo Saint Croix, đảo lớn nhất trong Quần đảo Virgin thuộc Mỹ, nằm ở phía nam và có nền đất bằng phẳng. Cục Công viên Quốc gia Hoa Kỳ làm chủ hơn nửa Đảo Saint John, gần như toàn bộ Đảo Hassel, và nhiều mẫu Anh bãi đá san hô.

Quần đảo Virgin thuộc Mỹ nằm trên đường ranh giới giữa Vết nứt Bắc Mỹ và Vết nứt Caribbean. Thiên tai bao gồm động đất, bão xoáy và sóng thần.